이 기사는 2025년 06월 04일 07시57분 thebell에 표출된 기사입니다

단백질 빅데이터 기업 프로티나가 기업공개(IPO)를 본격화한 가운데 향후 경영 안정성이 유지될 수 있을지 귀추가 주목된다. 최대주주인 윤태영 대표는 프로티나 기술력의 원천이라고 할 수 있지만 지분율은 낮은 수준이다. IPO 이후 지분율은 10%대로 떨어진다.

윤 대표는 이번 IPO를 진행하면서 주요 주주들과 의결권 공동행사를 약정해 안전판을 마련한 것으로 파악됐다. 또 프로티나는 성장과정에서 다수의 재무적투자자(FI)를 유치했음에도 이번 IPO에서는 신주모집으로만 공모 구조를 짜는 등 IPO 완주에 집중한 모습이다.

◇IPO 이후 대표 지분율 18%대로 추정

2일 금융투자업계에 따르면 프로티나의 최대주주는 윤태영 대표이사로 현재 21.2%의 지분율을 보유하고 있다. 프로티나는 현재 IPO 일정대로면 오는 11~17일 기관투자자 수요예측을 진행한 후 공모가액을 확정짓는다. 이후인 23~24일 일반 청약을 거쳐 7월에는 상장이 이뤄진다. IPO 이후 윤 대표의 지분율은 18.17%로 낮아진다.

프로티나는 윤 대표가 2014년 삼성전자의 미래기술육성사업 지원을 받으면서 창업 물꼬를 텄고 2015년 카이스트(KAIST) 교원창업 기업으로 설립됐다. 단백질 상호작용(PPI)을 분석하는 SPID 플랫폼을 세계 최초로 상용화하면서 신약 개발 과정에서 시간을 단축할 수 있도록 했다. 본격적인 매출은 2021년 이후 발생했고 누적 투자금만 400억원대였다.

2024년 연간 매출은 23억원이었지만 올해 매출은 66억원, 이후 2026년 148억원, 2027년에는 322억원, 2028년 590억원으로 성장할 것으로 예상하고 있다. 2025년과 2026년에는 영업손실이 불가피할 것으로 보고 있지만 2027년과 2028년에는 각각 88억원, 236억원의 이익을 낼 것으로 전망하고 밸류에이션을 진행했다.

이같은 성장이 가능하려면 프로티나를 이끌어온 윤 대표의 존재가 중요할 수밖에 없다. 그는 회사를 성장시키는 과정에서 2016년 시리즈A를 시작으로 시리즈D까지 진행하면서 지분율이 2022년말 기준 지분율은 25.5%에서 2023년말 21.21%로 낮아진 바 있다. IPO 이후에는 18%대로 내려가는 것이다. 그는 보유지분에 대해 상장 후 3년간 매각제한을 설정했다.


◇CFO·CTO 등 3년간 의결권 위임

프로티나는 대주주의 경영 안정성을 확보하기 위해 주요 주주들과 의결권 공동행사 약정을 진행한 것으로 파악됐다. 회사 측은 신고서를 통해 "공동행사 약정을 포함한 최대 주주 등의 전체 지분율은 공모 후 기준 23.02%로 상장 후 3년 간 의결권을 공동 행사하기로 했다"며 "안정적인 경영권 확보를 위한 방안을 마련했다"고 밝혔다.

윤 대표와 의결권 공동행사 약정을 진행한 이들은 가족 등의 특수관계인과 더불어 이대승 최고재무책임자(CFO)와 이홍원 최고기술책임자(CTO), 황성택 IR 이사 등이다. 이들은 IPO 이후 3년 간 주주총회에서의 의결권을 황 대표에게 위임하고 공동보유자 신고에 대해서도 협조해야 한다. 결국 함께 회사를 키운 이들과 일정기간 운명공동체로 움직이게 된다.

이들은 코스닥시장 상장 규정에 따라 IPO 이후 1년만 보유지분을 의무 보유하면 되지만 윤 대표와 의결권을 함께 하기로 한 만큼 3년간 매각도 제한하기로 했다. IPO 이후 3년 후인 2028년 이후 주가가 더욱 상승할 것이라는 신뢰가 없다면 하기 힘든 선택이라고 볼 수 있다.

이와 더불어 프로티나의 FI 역시 이번 IPO에서 구주매출을 진행하지 않기로 했다. 대부분의 FI가 짧게는 1개월에서 길게는 3개월까지 의무보유확약(락업)을 걸었다. 다만 상장 당일 유통가능주식 비율은 31.49%이며 3개월 정도가 지나면 75.94%까지 늘어나게 된다. 오버행 우려 역시 배제할 수는 없는 상황이다.