이 기사는 2025년 06월 17일 15시10분 thebell에 표출된 기사입니다

국세청은 통상 5년 주기로 기업들에 대한 세무조사를 실시한다. 일정 규모 이상이 되면 대부분의 기업들이 세무조사를 받는다. 다만 유독 추징금 처분이 많이 일어나는 업계가 있다면 바로 제약업계가 꼽힌다.

JW중외제약은 서울청 정기조사(2016~2020)에 이어 중부청 정기조사(2021~2024)에서도 수백억원대의 추징금을 부과받았다. 이외에도 경동제약 등도 최근 3년 내 세무조사 이후 과세 추징을 받은 바 있다.

제약업계가 세무조사 리스크를 피하지 못하는 이유가 있다. 업계 고질적인 문제로 지적되는 리베이트 관행 때문이다.

◇JW중외제약, 연이은 추징금 부과 공시 "자기자본 적은 탓"

최근 3년간 벌금 부과 공시를 집계하면 제약바이오사 비중이 가장 높다. 총 45건의 공시 중 12건에 달한다. 모두 법인세 등 세무조사에 대한 추징금이라는 점이 주목된다.

가장 최근 공시한 JW중외제약은 중부지방국세청의 정기 세무조사에서 211억원에 달하는 추징금을 부과받았다. 2024년 말 기준 JW중외제약 자기자본 대비 6.4%에 해당하는 규모다.

국세청과 JW중외제약은 정확히 어떤 항목에 대해 추징금이 부과됐는지 공개하지 않았다. 다만 주목할 만한 대목은 JW중외제약이 2022년 1월 서울지방국세청으로부터 2016년에서 2020년까지에 대한 정기조사에서 이미 과세 추징을 받은 이력이 있다는 점이다.


더욱이 주요 관계사인 JW신약 역시 지난해 12월 중부지방국세청의 2017~2023년 대상 정기세무조사에서 50억원의 추징금을 부과받았다.

JW중외제약 관계자는 "정기 세무조사는 대부분의 제약사를 대상으로 진행하는거고 이번 추징 대상 항목은 리베이트와는 관련이 없는 것으로 안다"며 "자기자본 규모가 적은 중소·중견 제약사가 자기자본 대비 추징금 규모가 5% 이상인 경우가 많아 상대적으로 공시가 잦은 것"이라고 말했다.

◇리베이트 관행으로 엄격해진 '잣대' 내부 자정 노력 강화 목소리도

제약업계가 세무조사 리스크에 취약한 데는 고질적 관행인 '리베이트'의 영향이 크다. 리베이트는 영업 방식의 일종이다. 하지만 국내 법상 리베이트의 일부 행위는 불법으로 간주된다. 리베이트에 대한 혜택이 최종 소비자가 아닌 중간 유통자인 의사 등에 돌아가 소비자 이익 훼손을 초래할 수 있다는 점에서다.

대법원은 의약품 리베이트는 사회질서에 반하는 비용으로 법인세법상 손금 부인 대상에 해당한다고 판결했다. 이에 국세청은 관련 위험이 큰 제약사의 세금 처리 과정에 대해 상대적으로 더 엄격한 잣대를 들이대고 있다.

하지만 업계서는 불법 리베이트의 범위가 모호해 정당한 비용 처리도 추징 대상 항목으로 간주될 때가 있다고 주장한다. 대부분의 제약사는 영업에 활용되는 전반적인 비용을 다양한 계정에 분할 계상한다.

예를들어 임상 연구를 위해 의료진에 제공한 연구용역비를 연구개발비 계정에 계상했는데 이 경우 국세청에서 소금 부인 대상 항목으로 지적할 수 있다는 얘기다.

한 제약사 윤리경영 담당 관계자는 "과거 리베이트 등으로 인해 제약사의 세금 처리에 대한 신뢰도가 낮아진 것은 사실"이라며 "접대비 등으로 비춰질 수 있는 항목에 대해 최대한 소명 자료를 준비해두고 관계사와 파트너사 등에도 협조를 요청해 전반적으로 투명한 비용 관리만이 답이다"고 말했다.