이 기사는 2025년 05월 22일 18시20분 thebell에 표출된 기사입니다

삼성바이오로직스가 단순·인적분할 방식으로 중간지주사인 삼성에피스홀딩스 설립에 나선다. 바이오 사업부문을 지주사 체제로 재구조화 한다는 평가를 받고 있는 가운데, 분할 과정에서 발생할 수 있는 세무 이슈가 주목을 받고 있다.

22일 삼성바이오로직스가 자회사 관리 및 신규 투자를 맡아 온 사업 부문을 분할해 '삼성에피스홀딩스'를 설립하고 향후 바이오시밀러 기업인 삼성바이오에피스를 완전 자회사로 편입할 예정이라고 밝혔다.

삼성바이오로직스의 기존 주주는 삼성바이오로직스 주식과 삼성에피스홀딩스 주식을 0.65 대 0.35 비율로 교부받는다. 신설되는 삼성에피스홀딩스는 순수 지주회사가 된다. 업계에 따르면 금번 인적분할은 NH투자증권이 주관사를 맡아 진행한 것으로 파악된다.


인적분할을 할 경우 △분할법인 △분할신설법인 △분할법인의 주주 △분할신설법인의 주주와 관련한 과세문제가 발생한다. 가령 분할법인(삼성바이오로직스)은 이전 자산의 양도가액과 장부가액의 차액에 대해 법인세를 부담해야 하고 분할신설법인(삼성에피스홀딩스)은 이전 받은 자산의 시가와 양도가액의 차액에 대해 법인세를 부담해야 한다.

그러나 세법 제46조에서 규정하는 '적격분할 요건'을 충족하면 과세특례를 받을 수 있다.

△사업목적성(분할 당시 5년 이상 사업을 계속하던 법인이 분할하고 분할하는 사업부문의 자산과 부채를 포괄 승계할 것) △지분의 연속성(분할로 발생하는 신주를 기존 주주들이 같은 비율로 교부받고 분할등기 사업연도 종료까지 주식을 보유할 것) △사업의 계속성(분할 후 승계받은 사업을 법정기간 동안 계속할 것) △고용의 계속성(분할되는 사업부문 근로자의 80% 이상 고용을 승계할 것) 등이 세법상 기재돼 있다.

적격인적분할의 경우 장부가액승계방식에 의해 과세이연이 이뤄지게 된다. 분할법인의 장부가액을 분할신설법인의 취득가액으로 그대로 승계하면서 분할 시점이 아닌 분할신설법인이 양도받은 사업부문의 자산을 처분할 때 세금이 부과된다.

물적분할은 사업부문 등 자산을 양도하고 신설법인의 주식을 분할법인이 취득하게 되는데 이때 취득한 주식은 양도한 자산의 시가로 잡아야 하는 탓에 양도차익이 발생한다. 다만 물적분할 또한 적격분할 요건을 충족한다면 양도차익 만큼의 금액을 압축기장충당금으로 손금에 산입해 과세를 이연할 수 있도록 돼 있다는 설명이다.

의제배당 또한 고려할 사항이다. 삼성바이오로직스의 주주로서 삼성에피스홀딩스 주식을 받게되는 주주들은 분할등기일이 속하는 과세기간에 의제배당소득에 대한 과세가 이뤄질 수 있다. 받은 주식의 시가에서 기존 주식의 장부가액을 뺀 의제배당금액을 기준으로 계산한다. 다만 이 또한 적격분할에 해당할 경우 교부받은 삼성에피스홀딩스 주식의 시가를 기존 주식의 장부가액으로 인정해주기 때문에 의제배당으로 과세되지 않는다.

한 세무업계 관계자는 "세법에서 정하고 있는 적격분할 요건을 충족하면 세금 부담이 크지 않은데 만약 비적격이라면 세금이 상당히 부과된다"며 "이에 따라 인적분할이나 물적분할을 앞두고 있는 기업들은 일단 적격 요건을 맞춰야 세금 유출을 막기 때문에 회계법인 등을 통해 적격 요건을 사전에 검토해가며 분할을 신중하게 추진한다"고 말했다.

삼성바이오로직스는 금번 인적분할 결단에 대해 단순히 바이오의약품 위탁 개발·생산(CDMO) 사업과 바이오시밀러(복제약) 사업을 분리하기 위함이라고 강조했다. 일부 증권사 리서치센터에서 삼성바이오로직스가 인적분할을 한 이후 주주인 삼성물산과 삼성전자가 보유하고 있던 지분을 삼성에피스홀딩스에 현물출자할 가능성이 적지않다고 의견을 내기도 했지만 사업적 목적이 큰 것으로 시장에선 이해하는 모양새다.