이 기사는 2014년 01월 23일 11:45 thebell 에 표출된 기사입니다.

SK이노베이션이 최대 5000억 원의 세금 분쟁으로 몸살을 앓고 있다.

23일 업계에 따르면 2000억 원 안팎의 관세 부당환급 추징금을 관세청에 납부한 SK이노베이션이 과세전적부심을 신청한 것으로 확인됐다. 부정환급 혐의로 추징예정고지서를 통보받은 SK이노베이션의 과세전적부심사는 이르면 2월 초 열리게 된다. 과세전적부심이란 납세자가 세금부과가 적법한지에 대한 심사를 청구하는 제도다.

관세환급은 원재료를 수입 가공한 뒤 수출할 때 관세를 환급받을 수 있는 제도다. 관세청은 SK이노베이션이 원유 가공후 석유제품을 생산할 때 관세를 과다하게 환급받았다고 보고 있다. 추징금을 이미 납부한 SK이노베이션은 다양한 대응방안을 모색하고 있다.

관세청 관계자는 "부정환급이 아닌 것으로 나타난 부분의 추징금은 다시 돌려받게 될 것"이라고 밝혔다.

SK이노베이션은 SK인천석유화학(SK에너지 인천)이 분할할 때 면제받은 약 3000억 원의 취득세 감면이 적정했는지 여부에 대해서도 인천시의 세무조사를 받고 있다. 인천시 관계자는 "SK이노베이션과 SK에너지, SK인천석유화학을 대상으로 적격분할 여부를 조사하고 있다"며 "조사가 끝날 때까지 취득세 추징금 규모를 단정짓기는 어렵다"고 밝혔다.

지난 2011년 SK이노베이션은 SK에너지 인천, 군산, 울산 업체와 SK종합화학 등을 분할 신설했다. 지난해 SK에너지는 인천콤플렉스와 트레이딩 사업을 인적분할해 각각 SK인천석유화학과 SK트레이딩인터내셔널을 신설했다. SK이노베이션은 분할을 진행하면서 관련 사업 자산 및 부채를 신설법인에 승계했다.

인천시는 2011년 SK에너지 인천의 분할을 조세특례법이 규정한 적격분할로 분류해 취득세를 면제해줬다. 하지만 인천시는 SK에너지 인천이 적격분할 요건을 충족하지 못했다고 보고 세무조사에 착수했고 조사 결과에 따라 감면받은 취득세를 추징할 계획이다. 감면받은 취득세가 3000억 원에 달하는 것으로 전해지는 만큼 추징금 규모는 최대 3000억 원에 달할 수도 있다.

인천시 관계자는 "SK이노베이션 등이 분할하는 사업부문의 자산·부채를 신설법인에 포괄적으로 승계했는지, 신설법인이 승계받은 사업을 영위하는 지 여부 등을 조사하고 있다"고 밝혔다.

세금 분쟁은 SK이노베이션 실적에도 영향을 미쳤다. 지난해 10월 SK이노베이션은 관세환급 추징금 납부로 3분기 이익 규모가 줄었다고 정정공시를 했다. SK이노베이션의 3분기 영업이익(연결기준)은 3826억 원에서 3161억 원으로 줄었고 당기순이익은 3729억 원에서 3022억 원으로 감소했다.

SK이노베이션 관계자는 "내부 세무부서와 법무부서가 조율해 추징금에 대해 대응하고 있다"고 밝혔다.