이 기사는 2018년 01월 08일 15:00 thebell 에 표출된 기사입니다.

국세청으로부터 대규모 추징금을 부과받았던 국내 상위 제약사들이 잇따라 법인세를 환급받았다. 아직 국세청과 법인세 다툼을 벌이고 있는 제약사들이 있어 업계 관심이 커지고 있다.

8일 제약업계에 따르면 한미약품은 지난해 12월 조세심판원으로부터 경정 처분을 받았다. 지난 2015년 부과된 357억 원 규모 법인세 추징금에 대한 조세불복절차 결과였다. 청구 부분 일부가 인용됐고, 가산금을 포함해 상당한 금액을 돌려받은 것으로 알려졌다.

앞서 지난해 11월 대웅그룹 계열사인 대웅바이오도 세금을 돌려받았다. 국세청은 지난 2016년 7월 대웅바이오에 대한 세무조사를 실시해 164억 원 규모의 법인세 추징을 부과했다. 대웅바이오는 추징금 납부 후 곧장 조세심판원에 불복 청구를 진행했다. 대웅바이오가 청구한 부분이 전부 인용돼 법인세 153억 원과 기간에 따른 가산금을 환급받게 됐다.

제약업계는 최근 3년여간 다수 업체들이 법인세 추징금을 부과받은 상태다. 먼저 2014년에는 대웅제약이 법인세 124억 원을 추징당했다. 대웅제약은 별도의 조세불복 절차를 진행하지 않았다.

이듬해에는 한미약품을 시작으로 셀트리온제약, 종근당홀딩스 등에 각각 100억 원, 105억 원 규모 세금이 추징됐다. 셀트리온제약은 한서제약 합병으로 발생한 영업권 282억 원에 대한 세무 추징이었다. 지난 2016년에도 제약사들의 세금 추징은 계속됐다. 보령제약이 100억 원대 법인세를 추징당했고, JW중외제약과 신풍제약 등도 각각 139억 원, 200억 원 규모 세금을 납부했다. 이들 기업들은 수백억 원대 세금 납부로 분기 혹은 연간 순손익이 적자를 냈다.

이런 상황에서 두 제약사가 잇따라 법인세 추징금을 돌려받으면서 남은 제약사들 행보에 관심이 커진다. 세금이라는 민감한 문제 탓에 드러내놓지는 않지만 일부 제약사는 이미 조세불복 절차를 진행하고 있는 것으로 알려졌다.

한미약품과 대웅바이오 모두 수수료 지급과 관련한 청구가 인용됐다. 당시 국세청은 한미약품이 △음료를 병원과 약국 등에 무상제공 △거래 약국에 무선인식시스템(RFID)를 도입하고 이에 대한 대가로 지급한 정보이용료를 접대비로 간주했다. 대웅바이오가 영업판매대행(CSO) 업체와 계약을 맺고 수수료를 지급한 것도 접대비로 판단했다. 제약업계내 수수료는 공통적인 영역인 만큼 많은 제약사가 비슷한 처지일 것으로 점쳐진다.

제약업계 관계자는 "제약사들이 리베이트와 관련해 쉽사리 반발할 수는 없는 상황이다"면서도 "다툼의 여지가 있는 경우 조용히 조세불복절차를 진행하는 곳들이 상당할 것"이라고 말했다.

셀트리온그룹 계열사인 셀트리온제약은 공개적으로 불복 절차를 진행 중이다. 조세심판원에서는 관련 청구가 기각됐다.하지만 이에 굴하지 않고 서울행정법원에서 '법인세부과처분취소 소송'을 진행하고 있다. 셀트리온제약의 전신인 한서제약이 인수된 건 2009년으로 영업권에 대한 과세근거가 생긴 2010년보다 앞선 다는 주장이다.

더구나 닮은꼴 사례인 동부하이텍이 2심에서도 국세청을 상대로 승소한 상태다. 동부일렉트로닉과 동부한농은 2007년 동부하이텍으로 합병하면서 동부일렉트로닉 주주는 동부하이텍 신주를 교부받았다. 이 과정에서 신주 발행총액(5924억 원)은 동부일렉트로닉 자산(2992억 원)과 차액(2932억 원)이 발생했고 동부하이텍은 이를 영업권으로 처리했다.