이 기사는 2024년 03월 25일 15:52 thebell 에 표출된 기사입니다.

"올해 글로벌 제약사들로부터 단백질 상호작용(PPI) 분석 기술을 인정받고 계약을 맺게 됐는데 내부적으로 무척 고무적인 성과로 보고 있습니다. 지난해 6억원이었던 매출이 올해 1분기에만 20억원으로 올랐습니다. 올해 하반기까지 50억원, 턴어라운드를 목표로 하고 있습니다."

윤태영 프로티나 대표(사진)는 지난 22일 서울 관악 서울대 유전공학연구소에서 진행한 더벨과의 인터뷰에서 이같이 밝혔다. 프로티나는 PPI 분석 기술을 활용해 빅데이터를 구축, 개별환자의 발병 기전을 찾아내고 약의 효과를 예상하는 인공지능(AI) 기술을 보유한 기업이다.

윤 대표는 프로티나를 진단, 검진기업이 아닌 PPI 데이터 기업으로 소개했다. 그는 "생명정보 전달의 핵심기전인 PPI는 인류의 다양성을 이해하기 위한 핵심 바이오 데이터"라며 "개개인마다 다른 PPI를 정량적으로 파악해 검진하거나 약을 개발하는 데 활용하고 있다"고 말했다.

◇글로벌 제약사 러브콜 쏟아지는 프로티나

프로티나의 핵심 기술은 단일 분자 단백질 상호작용 검출(SPID)' 플랫폼과 이를 기반으로 제공하는 분석 서비스인 PPI 패스파인더(PathFinder)다. 올해 글로벌 제약사의 러브콜을 받은 것도 이 기술 덕분이다.

윤 대표는 SPID 플랫폼을 통하면 바이오 샘플의 임상검체별 최적화된 추출이 가능하다고 강조했다. 여기에 파이 칩(PI-Chip)이라는 표면 코팅 처리 기술을 활용해 액체생검부터 조직 절편까지 임상검체에 대한 정확한 PPI 복합체 분석기술 확보가 가능하다는 것. 즉 뛰어난 검출 민감도를 기반으로 다양한 임상시료를 분석할 수 있다는 얘기다.

프로티나는 SPID 플랫폼을 기반한 패스 파인더로 임상검체 내 PPI 바이오마커를 추적 검사한다. 축적된 데이터를 바탕으로 최적의 투여 용량을 결정하고 이를 통해 FDA에 자료를 제출할 수 있도록 서비스를 제공한다. 이렇다 보니 다국적 제약사는 임상검체에 대한 최적 투여 용량 탐색 임상시험을 수행할 최적의 곳으로 프로티나를 택했다.

윤 대표는 "구체적으로 회사명을 말할 순 없지만 한 글로벌 제약사의 신약 개발을 돕는 일을 하고 있다고 소문이 나서 프랑스, 스위스 등에 위치한 다른 글로벌 제약사들의 임상시험을 수행하고 있다"고 설명했다. 해당 제약사들은 샘플을 한국에 보내면 프로티나는 분석료와 임상시험 정보를 얻는 구조다.

중요한 테스트도 앞두고 있다. 오는 6월부터 프로티나의 패스파인더를 미국 에머리 대학으로 보내 글로벌 임상 유효성을 검증한다. 미국 전역에서 400개 정도의 샘플을 모아 검증을 수행하는 식이다. 윤 대표는 "오는 6월 랩이 설치가 되면 패스파인터 2.0 장비를 보내 6개월간 검증이 진행될 예정이다"며 "이를 위해 프로티나 설립 때부터 함께한 김재영 장비개발 부문장을 비롯해 여러 인력이 임상 실험을 도울 계획"이라고 말했다.

◇획기적 변화 이끌 AI 딥러닝 설계 항체

프로티나의 또 다른 핵심기술은 PPI 랜드스케이프(landscape)다. 쉽게 말하면 AI가 PPI의 정량적 데이터를 딥러닝해 항체를 설계하도록 돕는 기술이다. 패스파인더가 그간 개발해온 프로티나의 기술의 집합체라면, PPI 랜드스케이프는 프로티나가 추구하는 방향성이 담긴 기술이다.

그는 "기존 구조 예측 AI는 항체 설계에서 근원적 한계가 있었다"며 "단백질에는 루프(Loop) 구조가 있는데, 이 부분에서 구조예측이 매우 낮다"고 말했다. 이어 "또 대용량 단백질 생산설비가 필요하다 보니 항원과 항체간 결합에 대한 학습 데이터가 부족했다"고 덧붙였다.

프로티나는 항원과 항체간 결합 데이터 축적을 보다 효율적으로 하는 방법에 주목했다. 이후 단일분자 데이터 기반의 해리상수를 개발해 SPID 플랫폼의 우수한 민감도로 SPR 대비 3000배 적은 항체만으로 측정해 높은 경제성을 달성할 수 있었다.

빅데이터를 구축하는 속도도 매우 빠르다. 윤 대표는 "SPID 플랫폼을 이용해 프로티나는 AI한테 데이터를 계속 떠먹여 주는 역할을 한다"며 "현재는 한 주당 한 500에서 1000개씩 데이터를 축적하고 있지만, 칩을 고도화하면서 하반기 쯤엔 한 주당 3000~5000개의 데이터를 찍어낼 수 있을 것"이라고 말했다.

항체를 설계하는 일이 가능해지면 어떤 변화가 일어날까. 현재는 항체를 채취하는 데 많은 시간과 비용이 발생하지만, 해당 기술이 완성되면 획기적인 절약이 가능하다는 설명이다. 또 이중항체와 같이 채취가 어려운 경우에도 간단하게 항체를 설계할 수 있어 신약 개발이나 항체 연구에서 큰 변화를 만들어낼 수 있다.

프로티나는 핵심 기술을 바탕으로 글로벌에 진출하고 있다. 사업개발을 위한 미팅도 연이어 있다. 내달 미국 샌디에이고에서 개최 예정인 미국 '암연구학회(AACR) 2024'에 참가해 세 편의 포스터 발표를 할 예정이다.

◇10년차 데이터 기업, 맨파워가 핵심 경쟁력

프로티나는 지난 2015년 당시 카이스트 교수로 재직하던 윤 대표가 창업한 기업이다. 2014년 삼성전자의 미래기술육성사업 지원을 받은 게 창업 기반이 됐다. 인체 구성 성분인 단백질은 아직 인류에겐 여전히 신비로운 성분이다. 몸속 특정 단백질이 제 기능을 못 하거나 지나치게 많아지면 암 등을 비롯해 몸에 문제가 생긴다.

프로티나는 여기서 한 단계 나아가 단백질끼리 서로를 인식하고 결합하는 상호작용에 초점을 맞췄다. 예를 들어 A와 B 단백질 유무만 보지 않고 A와 B 간 상호작용을 정량적으로 측정해 C나 D라는 단백질을 만들어 낼 가능성 등을 예측한다. 몸속 세포 구성에 관여하는 PPI는 수십만 개에 달한다고 하니, 활용도도 높은 셈이다.

특히 PPI 패스파인더(PathFinder)로 맞춤형 치료의 새로운 방향을 개척하고 있다. SPID에는 윤 대표가 연구해 온 ‘막단백질 기술’이 활용했다. 막단백질은 외부 물질을 받아들이거나 신호를 전달하는 역할을 하기 때문에 PPI를 파악하는 데 효과적이다. 윤 대표는 막단백질 분야에서 저명한 전문가다.

프로티나는 올해 10년차를 맞았다. 윤 대표는 "프로티나의 성장 뒤에는 신구 조화가 잘 어우러진 경영진이 핵심 역할을 했다"고 강조했다. 설립 초기부터 함께했던 이홍원 CTO, 최병산 바이오마커개발 부문장, 류지영 인허가·생산 본부장 등 인물을 비롯해 2020년 이후 새롭게 합류한 김재영 장비개발 부문장, 박경찬 바이오마커 개발 팀장, 안정현 신약개발 본부장, 김나영 사업개발 본부장, 이대승 CFO 등의 이름을 한 명씩 나열했다.

프로티나는 올해 상장도 준비하고 있다. 상반기 내로 기술특례상장을 위한 기술성 평가에 도전할 계획이다. 윤 대표는 "현재 계획대로 된다면 올해 말쯤 상장예비심사를 청구 할 수 있지 않을까 생각하고 있다"고 말했다.

현재까지 유치한 투자금은 414억원에 달한다. 지난해 말 상장 전 지분투자(프리 IPO)를 유치해 165억원을 조달했다. 이번 펀딩에는 한국산업은행, LB인베스트먼트, 패스웨이파트너스, 스틱벤처스 등이 투자자로 참여했다.

앞서 시리즈A, 시리즈B 투자 라운드를 열어 100억원을, 2021년 시리즈C 라운드에서는 148억원을 투자받았다. 지난 라운드에선 케이런벤처스, 아주IB, LB인베스트먼트, 미래에셋캐피탈, 미래에셋벤처스, 지앤텍벤처스, 타임폴리오자산운용 등이 투자했다.